单细胞图谱的新型搜索引擎， “scfind “软件对数百万个细胞的多个数据集进行快速分析

一种新的软件工具可以让研究人员快速查询单细胞测序产生的数据集。用户可以确定任何基因组合在哪些细胞类型中活跃。3月1日发表在《Nature Methods》上的开放获取的 “scfind “软件可以让广大用户在标准计算机上对包含数百万个细胞的多个数据集进行快速分析。

这种数据集的处理时间仅需几秒钟，节省了时间和计算成本。该工具由Wellcome Sanger研究所的研究人员开发，可以像搜索引擎一样使用，因为用户可以输入文本以及基因名称。

过去10年，对单个细胞的遗传物质进行测序的技术发展迅速。单细胞RNA测序(scRNAseq)，用于评估哪些基因在单个细胞中是活跃的，可以同时对数百万个细胞进行测序，并产生大量的数据(人类肾脏图谱为2.2GB)。包括人类细胞图谱和疟疾细胞图谱在内的项目正在使用这种技术来发现和描述生物体或种群中存在的所有细胞类型。数据必须易于广大研究人员的访问和查询，才能从中获得最大的价值。

为了实现快速有效的访问，一种名为scfind的新软件工具采用两步策略将数据压缩100倍。高效的解压使得快速查询数据成为可能。由Wellcome Sanger研究所的研究人员开发的scfind可以在标准计算机上对涉及数百万个细胞的数据集进行大规模分析，而无需特殊硬件。过去需要几天才能返回结果的查询，现在只需要几秒钟。

新工具还可用于分析多组学数据，例如将测量表观遗传活动的单细胞ATAC-seq数据与scRNAseq数据相结合。

多组学方法的进步为了解基因调控网络的格局和动态提供了前所未有的机会。Scfind将帮助我们识别基因调控网络。调节基因活性的基因组区域–即使这些区域与其靶点相距甚远。

Scfind还可以用来识别与细胞类型相关或定义细胞类型的新基因标记。研究人员表明，与人工策划的数据库或其他可用的计算方法相比，scfind是一种更加准确和精确的方法。

为了使scfind更加用户友好，它结合了自然语言处理的技术，允许任意查询。

新的、更快的分析方法对于在单细胞数据中找到有希望的见解至关重要，包括在人类细胞图谱中。像scfind这样的用户友好型工具正在加快科学的步伐和研究人员相互促进的能力。获取更多前沿科技 研究访问：https://byteclicks.com