St. Jude Cloud门户网站扩展了对儿童实体瘤数据库访问权限

圣裘德儿童研究医院开发了儿童实体瘤网络(CSTN)数据门户,以加快发现和治疗儿童实体瘤的新疗法

一个基于云的创新交互式数据门户网站于本周首次亮相,使学术研究人员能够挖掘世界上最大,最全面的科学资源,用于研究小儿实体瘤及其相关生物学。圣裘德云儿童实体瘤网络(CSTN)数据门户,改善对通过网络可获得详细数据访问权限,从而促进了新型救生疗法的研究和开发。

CSTN包含来自170例患者的样本的广泛数据,这些样本代表21种不同的儿童期实体瘤,包括神经母细胞瘤,横纹肌肉瘤和罕见肿瘤。

肿瘤样本和相关数据是免费与学术研究人员共享的。圣裘德发展神经生物学系主任Michael Dyer博士和圣裘德肿瘤学系的Alberto Pappo博士于2013年启动了该网络。目标是加快这一领域的发现。

随着人们对网络访问不断增长,研究人员意识到科学家需要更深入地研究数据。于是圣裘德儿童研究医院创建了交互式数据门户网站以实现这一目标。”CSTN数据门户网站在本周举行的美国癌症研究协会年会上揭晓。

St. Jude Cloud门户网站扩展了对儿童实体瘤数据库访问权限

基于网络的数据

该门户使研究人员可以更轻松地自己下载和分析数据。

可用的数据和分析工具包括:

  • 患者肿瘤,种系和原位患者衍生异种移植物的下一代全基因组测序。这些作为交互式应用程序呈现,允许定制热图代表突变和单个基因搜索。原始基因组序列也已上传并可用。
  • 交互式浏览,用于表观遗传数据和某些情况下的蛋白质组数据
  • 每个样品在三个放大倍率下具有组织特异性染色的组织学图像和电子显微镜图像
  • 匹配的患者样品和原位异种移植物的克隆分析
  • 样本级搜索和特定特征数据的可视化,使用户可以根据诊断时的患者年龄或原发性或复发性肿瘤等因素进行过滤

临床前药代动力学报告,肿瘤扩散方案等

患者和患者原位异种移植的单细胞RNA测序正在进行中。其他可用的肿瘤样本和数据将添加到网络中。

学术研究人员还可以从患者原位异种移植物中获取冷冻保存的细胞,以及新鲜的冷冻组织或细胞以及福尔马林固定的石蜡包埋的组织块。

截至2020年6月,来自全球100多个机构的200多名研究人员已从网络请求并接收了1500多个肿瘤样本。

研究人员认为网络和数据门户网站是充分利用儿童及其父母捐赠的大部分肿瘤组织样本的最佳方法,以提供资源以加快治愈速度并了解疾病。

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