新工具可以大规模绘制蛋白质相互作用网络

蛋白质在保持我们的细胞和身体功能方面发挥着独特的作用，从进行化学反应到传递信息，以及保护我们免受潜在有害的外来入侵者的侵害。最近的研究表明，这些蛋白质不仅执行各自功能，而且还与其他蛋白质相互作用，通过这些蛋白质 – 蛋白质相互作用 (PPI) 执行更多和更复杂的功能。

总的来说，细胞中的所有蛋白质-蛋白质相互作用形成了一个 PPI 网络。实验识别人类细胞内的 PPI 网络需要大量的时间和资源，需要通过实验来识别每个单独的 PPI，以及研究这些蛋白质对的网络级相互作用。

现在，加州大学圣地亚哥分校的生物工程师开发了一种技术，能够在一次实验中揭示数千种蛋白质中的 PPI。该工具名为PROPER-SEQ，使研究人员能够几个星期内完成细胞中的PPI网络映射，无需任何专门的资源，如抗体或预制的基因库。

研究人员在 8 月 3 日在Molecular Cell 中描述了这项技术。他们将 PROPER-seq 应用于人胚胎肾细胞、T 淋巴细胞和内皮细胞，并鉴定出 210,518 个 PPI，涉及 8,635 种蛋白质。

PROPER-seq 能够在一个实验中扫描 10,000 × 10,000 个蛋白质对的数量级。

PROPER-seq 的中心思想是用唯一的 DNA 序列标记每个 PPI，然后通过下一代测序读取这些 DNA 序列标签。为了实现这一想法，研究团队开发了一种称为 SMART-display 的技术，该技术将独特的 DNA 条形码附加到每个蛋白质上。

PROPER-seq 的第三个组件是一个名为 PROPERseqTools 的软件包，它结合了统计工具来从 DNA 测序数据中识别 PPI。这三个工具——SMART-display、INLISE 和 PROPERseqTools——统称为 PROPER-seq。

实验室将使用他们感兴趣的细胞启动 PROPER-seq 协议，并获得作为已识别 PPI 列表的输出。用户还可以获得与每个识别出的 PPI 相关的 DNA 序列读取计数和其他统计数据。

该团队创建了一个带有 Web 界面的公共数据库，用于下载、搜索和可视化这些 PPI ( https://genemo.ucsd.edu/proper )。

展望未来，该团队希望 PROPER-seq 可以帮助研究人员筛选许多蛋白质对并确定感兴趣的 PPI。此外，来自不同实验室的 PROPER-seq 识别的 PPI 可以扩展 PPI 网络的参考图并阐明特定于细胞类型的 PPI。  获取更多前沿科技 研究进展 访问：https://byteclicks.com

这项工作得到了美国国立卫生研究院和 Ella Fitzgerald 慈善基金会的支持。