CovMT：跟踪世界各地的病毒突变情况
一个SARS-CoV-2追踪器利用公开的测序数据显示病毒如何随着时间的推移而变化和传播。该跟踪器被称为CovMT，由KAUST开发，有望帮助研究人员和政策制定者了解该病毒突变的演变情况。这可能对疫苗开发、患者治疗和限制措施的实施产生影响。
随着SARS-CoV-2病毒新变种的出现，世界各国家需要知道这些或类似的变种是否已经进入他们的国家，KAUST计算生物科学研究中心的一个团队一起设计了CovMT系统。世界卫生组织正在向所有国家强调要加大测序力度。随着测序工作的增加，希望CovMT能够帮助研究人员、公众和政策制定者探索有关测序工作、不断演变的病毒变种和疾病严重程度的最新国别信息。
每天都有公开的数据从GISAID下载到CovMT，该倡议整理了来自世界各地的SARS-CoV-2病毒的基因序列和相关的临床和流行病学数据。CovMT平台对这些数据进行处理，以检测突变和突变指纹，并定义支系。
然后，CovMT提供交互式图形，以用户友好的形式帮助将结果可视化。
例如，跟踪器显示了哪些SARS-CoV-2支系存在于哪些大洲。它还显示了提供SARS-CoV-2测序数据的国家，以及每个国家存在的病毒的本地和国外突变指纹。
该团队设计了 “突变指纹 “的概念来描述具有相同病毒突变集的病毒分离物。这有助于科学家们了解带有突变指纹的病毒是在哪里被首次发现的，然后再了解它最终传播到哪些国家。由于GISAID包括一些患者数据，这些数据将病毒变异和突变与疾病严重程度相关联，因此该跟踪器还可以预测具有类似突变指纹但缺乏患者数据的病毒分离物的疾病严重程度。
追踪器显示，B.1.1.7变种在其刺突蛋白中获得了名为N501Y的特定突变，导致英国2020年秋冬季节感染率迅速上升，该变种还获得了E484K突变。这可能对疫苗对该变异的有效性产生影响。获取更多前沿科技信息访问：https://byteclicks.com
另外，追踪器显示，510个B.1.351变种的病毒分离株在刺突蛋白的受体结合区域有三个突变。这个区域具有特别重要的意义，因为该区域的突变可能会使病毒更具传染性。这种三重RBD突变变体目前在南非、英国和其他22个国家都有发现。
CovMT未来还可以适应其他传染病，如MERS-CoV和流感病毒。
