IDseq:快速简便有效的疾病跟踪工具

最近在GigaScience杂志上发布了一种名为IDseq的新的基于云的开源工具,可以快速检测,识别和跟踪SARS-CoV-2等新出现的病原体。该工具可以在没有完整的基因组序列之前识别病原体。因此,它可以用于当前的传染病暴发和新兴暴发。这将大大有助于预防未来的大流行。

IDseq:快速简便有效的疾病跟踪工具
IDseq是一种基于云的开源工具,它使世界各地的实验室和诊所都能够进行病原体检测,并识别出新的和现有的致病性病原体,以帮助对抗当前的流行病并加以预防。

冠状病毒大流行证明了全球传染病监测的重要性。寻找传染病爆发的原因具有挑战性,特别是如果传染病是由未知病原体引起的。IDseq是一个基于云的开源宏基因组分析平台,它可以从给定样本(无论是人类,动物还是寄生虫)中识别出新颖的和现有的致病性病原体,从而提供有关该病情的可行报告。在世界上任何地方的实验室和诊所都可以使用。

IDseq可以被视为新兴或新型传染原的预警雷达。它在2003年对SARS冠状病毒的鉴定做出了贡献。该工具旨在使全球卫生界能够利用不断降低的测序成本来追踪和鉴定基本上所有样品中的传染病。

GigaScience上发表的一项研究中,科学家使用各种方法来证明IDseq工具确实能够可靠地识别正在出现的病原体,其中有一项原理证明是从柬埔寨的COVID-19患者处吸鼻拭子。结果表明,IDseq可以在完整参考基因组存在之前检测到新兴病原体的存在。IDseq现在还包含用于构建SARS-CoV-2共有基因组的新工作流程。

在柬埔寨,研究人员将基因组序列上载到开源病原体数据存储库GISAID(全球所有流感数据共享倡议)和Nextstrain中,因此任何地方的科学家都可以看到SARS-CoV-2冠状病毒的完整基因组序列,并在其中进行研究。全球上传的SARS-CoV-2冠状病毒序列的更广泛背景。柬埔寨国家寄生虫学,昆虫学和疟疾控制中心(CNM)和国家过敏与传染病研究所(NIAID)的研究人员与柬埔寨巴斯德研究所合作完成了这项研究。

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与专门针对已知药物的测试(例如SARS-CoV-2 PCR测试)不同,基因组测序mNGS是一种通用方法,该方法在研究人员可能不知道是什么原因引起的情况下,可以检测导致疾病的新病原体,mNGS实验始于大规模扩增患者样品中病原体的DNA痕迹,从而产生数百万个小片段DNA序列或读数。然后必须使用生物信息技术分析和解释这个庞大的数据集。目的是通过利用序列数据库中的知识将临床样本中的单个DNA片段分配给特定的病原体。

分析来自典型mNGS实验的大量数据通常需要一系列专门的生物信息学工具,其中包括高度专业化的专业知识和昂贵的商业许可软件-使mNGS成为难以访问的方法。新的用户友好型IDseq软件是开源的,可免费提供给全球卫生界,从而减少了进入宏基因组学的障碍。有关更多信息,请访问IDseq.net

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